의료비 세액공제 완벽 정리 - 본인·부양가족·난임시술

연말정산 시즌이 되면 많은 근로자들이 의료비 세액공제에 관심을 갖습니다. 한 해 동안 지출한 병원비, 약값, 치과 치료비 등을 공제받아 세금을 환급받을 수 있기 때문입니다. 의료비 세액공제는 다른 공제 항목과 달리 부양가족의 나이와 소득 제한이 없어, 조건만 맞으면 폭넓게 혜택을 받을 수 있습니다. 다만 총급여액의 3%를 초과한 금액부터 공제가 시작되고, 실손보험금으로 받은 금액은 제외해야 하는 등 세부 규정을 정확히 알아야 손해 없이 공제받을 수 있습니다.

이번 글에서는 의료비 세액공제의 기본 개념부터 공제 대상, 공제율, 한도, 신청 방법까지 구체적으로 정리했습니다. 특히 난임시술비는 일반 의료비보다 2배 높은 공제율이 적용되므로, 해당되는 분들은 반드시 증빙서류를 준비해 공제받으시기 바랍니다.

의료비 세액공제 기본 개념

의료비 세액공제는 근로소득자가 본인과 기본공제 대상자를 위해 지출한 의료비에 대해 세금을 감면해주는 제도입니다. 소득공제와 달리 세액에서 직접 차감하기 때문에 실질적인 절세 효과가 큽니다. 공제 대상자는 기본공제 대상자로 한정되지만, 의료비 항목에서는 나이와 소득금액 제한이 없습니다. 따라서 소득이 있는 부모님이나 성인 자녀의 병원비도 본인이 지출했다면 공제받을 수 있습니다.

공제를 받으려면 총급여액의 3%를 초과한 금액부터 인정됩니다. 예를 들어 총급여가 5,000만원이라면 150만원을 초과한 의료비부터 공제 대상이 됩니다. 이 기준을 넘은 금액에 대해 공제율을 곱한 만큼 세금이 줄어듭니다. 근로기간 중 지출한 의료비만 해당되며, 휴직 기간도 근로기간에 포함됩니다.

공제율과 한도 구조

의료비 세액공제는 대상자와 의료비 종류에 따라 공제율이 달라집니다. 가장 높은 공제율은 난임시술비로 30%가 적용되며, 미숙아 및 선천성이상아 의료비는 20%입니다. 본인, 65세 이상, 장애인, 건강보험산정특례자, 6세 이하 자녀의 의료비는 15% 공제율이 적용됩니다. 그 외 일반 부양가족 의료비도 15%로 동일합니다.

공제 한도는 대상자에 따라 차이가 있습니다. 본인 의료비, 65세 이상 의료비, 장애인 의료비, 6세 이하 자녀 의료비, 난임시술비, 건강보험산정특례자 의료비, 미숙아·선천성이상아 의료비는 한도 없이 전액 공제됩니다. 반면 일반 부양가족의 의료비는 연간 700만원까지만 공제받을 수 있습니다. 단, 총급여액 3% 초과분이라는 기본 계산 구조는 모든 경우에 동일하게 적용됩니다.

공제 대상 의료비 항목

공제 대상에 포함되는 의료비는 의료법 제3조에 따른 의료기관에서 진찰, 진료, 질병 예방을 위해 지출한 비용입니다. 진료비, 입원비, 수술비 같은 기본적인 병원비는 물론 치료·요양을 위한 의약품 비용도 포함됩니다. 한약도 의료비로 인정받을 수 있습니다. 라식 수술비, 보철, 틀니, 스케일링 같은 치과 치료비도 공제 대상입니다.

장애인 보장구 및 의사 처방에 따라 구입하거나 임차한 의료기기 비용도 해당됩니다. 시력보정용 안경이나 콘택트렌즈는 1인당 연간 50만원 한도로 공제받을 수 있습니다. 건강검진비용, 요양병원 본인부담금, 질병으로 인한 유방재건 비용도 인정됩니다. 산후조리원 비용은 출산 1회당 200만원 이내에서 공제됩니다.

연말정산 전체 절차와 다른 공제 항목에 대해서는 위 종합 가이드를 참고하시면 도움이 됩니다.

공제 제외 항목

모든 의료비가 공제 대상은 아닙니다. 미용이나 성형을 목적으로 한 수술 비용은 2010년 이후 지출분부터 공제에서 제외됩니다. 건강증진을 위한 의약품이나 건강기능식품 구입비도 공제받을 수 없습니다. 간병인에게 지급한 비용, 진단서 발급 비용도 해당되지 않습니다. 외국에 소재한 의료기관에서 진료받은 비용도 공제 대상에서 빠집니다.

회사의 사내복지기금에서 지원받은 의료비나 국민건강보험공단에서 지급받은 본인부담금 상한제 환급금도 공제받을 수 없습니다. 특히 실손의료보험금으로 받은 금액은 반드시 제외해야 합니다. 2019년 귀속분부터 보험금으로 보전받은 의료비는 공제에서 배제되므로, 보험금 수령액을 해당 연도 의료비에서 차감한 뒤 공제 신청해야 합니다.

실손보험 수령액과 의료비 공제의 관계에 대해서는 다음 글에서 더욱 자세히 다루고 있습니다.

난임시술비 특례 제도

난임시술비는 일반 의료비보다 2배 높은 30% 공제율이 적용됩니다. 대상이 되는 난임시술은 자궁내 정자주입술(인공수정)과 체외수정 배아이식술(체외수정)입니다. 총급여액의 3%를 초과한 금액부터 공제되는 기본 구조는 동일하지만, 한도 제한 없이 전액 공제받을 수 있습니다. 예를 들어 총급여 5,000만원인 근로자가 난임시술비로 300만원을 지출했다면, 150만원을 초과한 150만원에 대해 30%인 45만원을 환급받습니다.

난임시술은 건강보험 급여 대상으로, 신선배아 7회, 동결배아 5회, 인공수정 5회까지 지원됩니다. 본인부담률은 기본급여 30%, 선별급여 50%로 설정되어 있습니다. 법적 혼인상태나 사실상 혼인관계에 있는 난임부부가 대상이며, 여성 연령이 만 45세 미만이어야 합니다. 45세 이상도 급여 인정이 가능하지만 본인부담률이 50%로 높아집니다.

국세청 연말정산 간소화서비스에서는 난임시술비가 일반 의료비와 구분되지 않을 수 있습니다. 따라서 의료기관에서 ‘난임시술비에 대한 진료납입확인서’ 같은 별도 증빙서류를 발급받아 회사에 제출하는 것이 좋습니다. 그래야 15% 대신 30% 공제율을 적용받을 수 있습니다.

홈택스 간소화서비스 이용법

의료비 세액공제는 국세청 홈택스의 연말정산 간소화서비스를 통해 신청할 수 있습니다. 간소화서비스는 매년 1월 15일경에 개통되며, 2026년 기준으로는 1월 15일에 서비스가 시작됩니다. 초기 자료는 일부 누락될 수 있으므로, 최종 확정 자료가 제공되는 1월 20일 이후 이용하는 것이 정확합니다.

홈택스에 접속한 뒤 공동인증서, 금융인증서, 간편인증(카카오·네이버·토스 등)으로 로그인합니다. ‘장려금·연말정산·기부금’ 메뉴에서 ‘연말정산간소화’를 선택하고, ‘소득·세액공제 자료조회’로 들어가 의료비 항목을 확인합니다. 본인 및 부양가족의 보험료, 의료비, 교육비, 신용카드 사용액, 기부금 등을 한 번에 조회할 수 있습니다.

부양가족의 자료를 조회하려면 사전에 자료제공 동의를 받아야 합니다. 부양가족이 홈택스에 로그인해 동의 절차를 밟거나, 서면 동의서를 제출하는 방법이 있습니다. 간소화서비스에 포함되지 않는 안경, 교복, 월세, 해외 교육비, 일부 기부금 등은 직접 영수증을 준비해 회사에 제출해야 합니다.

신청 절차와 유의사항

연말정산 의료비 공제 신청은 회사를 통해 이루어집니다. 간소화서비스에서 자료를 조회한 뒤, PDF 파일로 다운로드하거나 출력해 회사에 제출합니다. 제출 시기는 보통 1월 중순부터 2월 말까지입니다. 간소화서비스에 포함되지 않은 의료비는 병원에서 발급받은 영수증을 별도로 첨부해야 합니다.

의료비와 신용카드 소득공제는 중복 적용이 가능합니다. 병원비를 신용카드로 결제했더라도 둘 다 공제받을 수 있으므로, 카드 사용액도 함께 확인하시기 바랍니다. 배우자의 의료비는 실제 지출한 사람이 공제받아야 합니다. 맞벌이 부부라면 누가 지출했는지에 따라 공제자가 달라지므로, 카드 명의나 계좌이체 내역을 확인해 정확히 신청해야 합니다.

실손보험금 수령 시점과 의료비 지출 시점이 다를 수 있습니다. 2025년에 의료비를 지출하고 연말정산으로 공제받은 뒤, 2026년에 보험금을 받았다면 해당 보험금은 2025년 의료비에서 차감해 다시 신고해야 합니다. 국세청에서 보험금 수령 내역을 파악하므로, 누락하면 나중에 추징될 수 있습니다.

자주 묻는 질문 (FAQ)