비영리 내국법인이 토지, 건물, 주식 등의 자산을 양도하면 법인세법에 따라 양도소득에 대한 과세표준 예정신고 및 자진납부 의무가 발생합니다. 제조업이나 도소매업 등 법인세법 제4조 제3항 제1호의 사업소득이 없는 비영리법인이 특정 자산을 양도한 경우, 개인과 같은 수준의 양도소득세를 부담하도록 설계되어 있습니다. 이를 통해 비영리법인의 납세 절차를 간소화하면서도 과세 형평성을 유지하고 있습니다.
비영리법인은 수익사업을 영위하지 않더라도 자산 양도로 인한 소득에 대해서는 법인세 납부 의무가 있으며, 이는 소득세법 제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 처리됩니다. 다만 고유목적사업에 직접 사용한 자산에 대해서는 일정 요건을 충족할 경우 비과세 혜택을 받을 수 있어, 법인의 본래 목적을 위한 활동을 보호하는 장치가 마련되어 있습니다.
양도소득 과세 대상 자산
비영리 내국법인의 양도소득 과세 대상에는 크게 세 가지 유형의 자산이 포함됩니다. 첫 번째는 토지와 건물로, 건물에 부속된 시설물과 구축물도 함께 포함됩니다. 두 번째는 주식 및 출자지분으로, 대주주의 상장주식과 장외거래 상장주식, 비상장주식 등이 해당됩니다. 세 번째는 부동산에 관한 권리 및 기타 자산으로, 부동산을 취득할 수 있는 권리, 지상권, 전세권, 등기된 부동산임차권, 영업권, 이용권, 회원권 등이 포함됩니다.
법인세법 제60조에 따르면, 과세표준 신고를 하지 않은 부동산 등의 양도소득은 소득세법 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 양도소득세 세율을 적용해 계산한 금액을 법인세로 납부해야 합니다. 이러한 과세 방식은 비영리법인이 영리 활동을 통해 얻은 소득에 대해서만 세금을 부과함으로써, 법인의 고유한 비영리 활동은 보호하면서도 과세 형평성을 유지하는 구조입니다.
자산 양도소득에 대한 과세특례는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 적용해야 하며, 사업연도에 양도한 자산 중 일부만 특례를 적용할 수는 없습니다. 따라서 한 사업연도 내에 여러 자산을 양도한 경우, 모든 자산에 대해 동일한 기준을 적용하여 신고해야 합니다.
예정신고 기한 및 신고 방법
양도소득 과세표준 예정신고는 자산의 종류에 따라 신고 기한이 다르게 적용됩니다. 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 기타 자산의 경우에는 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 신고 및 납부를 완료해야 합니다. 예를 들어 3월 15일에 토지를 양도했다면, 3월 말일인 3월 31일로부터 2개월 후인 5월 31일까지 신고해야 합니다.
주식 또는 출자지분의 경우에는 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 신고해야 합니다. 상반기(1월~6월)에 주식을 양도했다면 6월 30일로부터 2개월 후인 8월 31일까지, 하반기(7월~12월)에 양도했다면 12월 31일로부터 2개월 후인 다음 해 2월 말일까지 신고를 완료해야 합니다. 이러한 반기별 신고는 주식 거래의 특성을 고려하여 신고 절차를 효율화하기 위한 제도입니다.
신고는 국세청 홈택스를 통한 전자신고 또는 납세지 관할 세무서를 직접 방문하여 진행할 수 있습니다. 전자신고의 경우 비영리내국법인의 양도소득과세표준예정신고서(별지 제57호의2 서식)를 사용하며, 홈택스 웹사이트에서 양식을 내려받아 작성할 수 있습니다. 신고에 필요한 구체적인 서류나 작성 방법에 대해서는 국세청 국세상담센터(국번없이 126)나 가까운 세무서에 문의하면 안내받을 수 있습니다.
고유목적사업 자산의 비과세 요건
비영리 내국법인이 고유목적사업에 사용한 자산을 양도하는 경우, 일정 요건을 충족하면 양도소득에 대한 과세가 제외됩니다. 가장 중요한 요건은 유형자산 및 무형자산의 처분일 현재를 기준으로 소급하여 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 경우입니다. 여기서 고유목적사업은 법인세법 시행령 제3조 제1항에서 정한 수익사업을 제외한 활동을 의미합니다.
3년 이상 계속 사용이라는 요건은 일시적이거나 부수적인 사용이 아닌, 법인의 본래 목적을 달성하기 위해 필수적이고 지속적으로 활용된 자산임을 입증해야 한다는 의미입니다. 예를 들어 사회복지법인이 장애인 재활 프로그램을 운영하기 위해 3년 이상 사용한 건물을 양도하는 경우, 해당 건물의 양도소득은 비과세 대상이 될 수 있습니다. 다만 같은 건물이라도 일부를 임대 수익 등 수익사업에 사용했다면, 그 부분은 과세 대상에 포함됩니다.
비과세 적용을 받기 위해서는 자산이 고유목적사업에 직접 사용되었음을 증빙할 수 있는 자료를 보관해야 합니다. 법인의 사업 보고서, 회계장부, 자산 사용 내역, 고유목적사업 수행 기록 등이 증빙 자료로 활용될 수 있으며, 세무 조사나 확인 과정에서 이러한 자료의 제출을 요구받을 수 있습니다.
| 구분 | 내용 |
|---|---|
| 비과세 요건 | 고유목적사업에 3년 이상 계속 직접 사용 |
| 대상 자산 | 유형자산 및 무형자산 |
| 제외 대상 | 수익사업에 사용한 자산 |
| 적용 단위 | 사업연도별 일괄 적용(일부 선택 불가) |
신고 시 유의사항 및 가산세
양도소득 과세표준 예정신고를 법정 기한 내에 하지 않거나 과소 신고하는 경우 가산세가 부과됩니다. 무신고 가산세는 납부해야 할 세액의 20%가 부과되며, 부정한 방법으로 신고하지 않은 경우에는 40%의 가산세가 적용됩니다. 과소신고 가산세는 과소신고한 세액의 10%이며, 부정한 방법으로 과소신고한 경우에는 40%가 부과됩니다.
납부 불성실 가산세도 별도로 부과됩니다. 법정 납부기한까지 세금을 납부하지 않으면, 미납 세액에 대해 하루당 0.022%의 가산세가 추가됩니다. 이는 연 8.03%에 해당하는 금액으로, 장기간 납부를 지연할 경우 상당한 부담이 될 수 있습니다. 따라서 신고와 납부를 동시에 진행하여 불필요한 가산세 부담을 피하는 것이 중요합니다.
상속세 및 증여세법에 의하여 과세가액에 산입되지 않은 재산을 출연받은 후 3년 이내에 양도하는 경우에는 특별한 주의가 필요합니다. 이 경우 출연한 자의 취득가액을 법인의 취득가액으로 보기 때문에, 취득가액 산정 시 출연자의 원래 취득 시점과 금액을 정확히 확인해야 합니다. 잘못된 취득가액으로 신고하면 양도차익이 부정확하게 계산되어 과세 문제가 발생할 수 있습니다.
신고 절차 및 필요 서류
비영리 내국법인의 양도소득 과세표준 예정신고는 체계적인 절차를 따라 진행됩니다. 먼저 자산 양도 후 양도가액, 취득가액, 필요경비 등을 정확히 산정하여 양도차익을 계산해야 합니다. 이때 장부상 기록된 금액과 실제 거래 금액이 일치하는지 확인하고, 거래 관련 증빙서류를 모두 준비해야 합니다.
신고서 작성 시에는 비영리내국법인의 양도소득과세표준예정신고서(별지 제57호의2 서식)를 사용하며, 법인의 기본 정보, 양도 자산의 상세 내역, 양도가액 및 취득가액, 양도소득금액 및 과세표준, 산출세액 등을 기재합니다. 홈택스를 통해 전자신고하는 경우 시스템에서 일부 항목을 자동으로 계산해주므로, 기본 정보와 거래 내역만 정확히 입력하면 됩니다.
필요한 서류로는 자산 양도 계약서, 양도대금 입금 확인서, 취득 당시의 계약서 및 대금 지급 증빙, 필요경비 지출 증빙서류 등이 있습니다. 고유목적사업 자산의 비과세를 적용받으려면 3년 이상 고유목적사업에 사용했음을 입증하는 사업 보고서, 자산 사용 대장, 회계장부 등을 추가로 준비해야 합니다. 홈택스를 통한 전자신고 시에는 필요 서류를 PDF나 이미지 파일로 첨부할 수 있으며, 세무서 방문 신고 시에는 원본 또는 사본을 제출합니다.
출연받은 재산의 취득가액 산정
비영리법인이 출연받은 재산을 양도하는 경우 취득가액 산정 방법이 일반적인 경우와 다르게 적용됩니다. 상속세 및 증여세법에 의하여 과세가액에 산입되지 않은 재산을 출연받은 후 3년 이내에 양도하는 경우, 출연한 자의 취득가액을 법인의 취득가액으로 봅니다. 이는 출연을 통한 조세 회피를 방지하고, 재산의 실질적인 가치 증가분에 대해 정확한 과세를 하기 위한 제도입니다.
예를 들어 개인이 20년 전 1억원에 취득한 토지를 비영리법인에 출연하고, 법인이 출연받은 지 2년 후에 해당 토지를 5억원에 양도했다면, 법인의 취득가액은 출연 시점의 평가액이 아닌 출연자의 원래 취득가액인 1억원이 됩니다. 따라서 양도차익은 4억원(5억원 - 1억원)으로 계산되어 과세표준이 산정됩니다.
출연받은 지 3년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 법인이 출연받은 시점의 가액을 취득가액으로 봅니다. 이 경우 출연 시점의 시가 평가액이 취득가액이 되므로, 출연 이후 법인이 자산을 보유하는 동안 발생한 가치 증가분에 대해서만 과세됩니다. 3년이라는 기준은 단기간 내 출연을 통한 조세 회피는 방지하되, 장기적으로 법인이 고유목적사업을 위해 활용한 자산에 대해서는 합리적인 과세 기준을 적용하기 위한 것입니다.
온라인 신고 및 상담 안내
국세청 홈택스를 이용하면 24시간 언제든지 양도소득 과세표준 예정신고를 진행할 수 있습니다. 홈택스 웹사이트에 접속하여 공동인증서 또는 금융인증서로 로그인한 후, 신고/납부 메뉴에서 법인세 신고를 선택하면 비영리법인의 양도소득 신고 메뉴를 찾을 수 있습니다. 신고서 양식은 시스템에서 제공하며, 필요한 항목을 입력하고 관련 서류를 첨부한 후 전자신고를 완료하면 됩니다.
전자신고를 완료한 후에는 즉시 세액 납부를 진행할 수 있습니다. 홈택스에서는 계좌이체, 신용카드, 간편결제 등 다양한 납부 방법을 지원하며, 납부 후 전자영수증이 발급됩니다. 전자신고와 전자납부를 이용하면 세무서를 방문할 필요 없이 모든 절차를 온라인으로 완료할 수 있어 시간과 비용을 절약할 수 있습니다.
신고나 세액 계산 과정에서 궁금한 사항이 있거나 도움이 필요한 경우, 국세청 국세상담센터(국번없이 126)로 전화하면 전문 상담원의 안내를 받을 수 있습니다. 상담센터는 평일 오전 9시부터 오후 6시까지 운영되며, 자산 종류별 신고 기한, 세액 계산 방법, 비과세 요건 확인, 필요 서류 등에 대해 구체적인 상담을 제공합니다. 또한 관할 세무서를 방문하여 대면 상담을 받을 수도 있으며, 복잡한 사안의 경우 세무 전문가의 도움을 받는 것도 좋은 방법입니다.
자주 묻는 질문 (FAQ)
❓ 비영리법인이 주식을 양도한 경우 신고 기한은 언제인가요?
주식 또는 출자지분을 양도한 경우, 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 신고해야 합니다. 상반기(1~6월) 양도 시 8월 31일까지, 하반기(7~12월) 양도 시 다음 해 2월 말일까지 신고 및 납부를 완료해야 합니다.
❓ 고유목적사업에 사용한 건물을 양도하면 무조건 비과세인가요?
고유목적사업에 사용한 건물이라도 처분일 현재 소급하여 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우에만 비과세 혜택을 받을 수 있습니다. 3년 미만 사용했거나 일부를 수익사업에 사용한 경우에는 과세 대상이 됩니다.
❓ 양도소득 신고를 기한 내에 하지 않으면 어떻게 되나요?
법정 기한 내에 신고하지 않으면 무신고 가산세로 납부할 세액의 20%가 부과되며, 부정한 방법으로 무신고한 경우 40%가 부과됩니다. 또한 납부 불성실 가산세로 하루당 0.022%의 가산세가 추가로 부과됩니다.
❓ 출연받은 재산을 2년 후에 양도하는 경우 취득가액은 어떻게 되나요?
상속세 및 증여세법에 의해 과세가액에 산입되지 않은 재산을 출연받은 후 3년 이내에 양도하는 경우, 출연한 자의 원래 취득가액을 법인의 취득가액으로 봅니다. 출연받은 시점의 가액이 아닌 출연자가 최초로 취득했을 때의 가액이 적용됩니다.
❓ 홈택스로 신고할 때 어떤 서류를 준비해야 하나요?
자산 양도 계약서, 양도대금 입금 확인서, 취득 당시의 계약서 및 대금 지급 증빙, 필요경비 지출 증빙서류 등이 필요합니다. 고유목적사업 자산의 비과세를 적용받으려면 3년 이상 고유목적사업에 사용했음을 입증하는 사업 보고서, 자산 사용 대장, 회계장부 등을 추가로 준비해야 합니다.